Буде розглянуто основні методи чисельного моделювання, що застосовуються в дослідження біологічних макромолекул. Весь курс лекцій буде логічно поділено на 3 розділи. Перший розділ буде присвячено розгляду класичної молекулярної динаміки. Другий розділ буде присвячено методам моделювання електронної структури молекул та квантової молекулярної динаміки. Третій розділ буде присвячено вивченню методу крупнозернистої молекулярної динаміки. В даному курсі також будуть вивчатися спеціальні програми для моделювання біологічних макромолекул (VMD, NAMD,), які існують у вільному доступі.

Програма курсу

Попердні вимоги

Підсумкова оцінка складається з оцінок за самостійну роботу протягом семестру (максимум 40 балів) та залік (максимум 60 балів).

Рекомендована література

1. Schlick T., Molecular Modeling and Simulation. An Interdisciplinary Guide. New York: Springer-Verlag, Inc. – 2002. – 634 p.
2. Atkins P., Friedman R. Molecular quantum mechanics, fourth edition. Oxford University Press (2005).
3. Tutorial and user guide VMD. http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/
4. Tutorial and user guide NAMD. http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/
5. Tutorial and user guide MagiС. http://www.fos.su.se/~sasha/magic/
6. Tutorial and user guide cp2k. https://www.cp2k.org/doku.php?id=tutorials&do=